HTML版はWeb上での表示に特化したオンラインジャーナルです。
HTML版はスマホやタブレットでもその画面サイズに適したレイアウトで表示されますから、スマホやタブレットで読むときにストレスがありません。
現在全文オンラインジャーナルといっても日本ではPDFによる公開がほとんどです。
こうなっているのは、単に、紙の学術雑誌を電子化する際、PDFだと紙の誌面をそのまま利用できるので移行しやすいというからにすぎないのです。

よく、オンラインジャーナルは読みにくいと言われますが、それはPDFが紙の呪縛から解き放たれていないからなのです。
紙を前提とせず、画面には画面に特化した形で提供することが必要です。つまりHTML版です。
まず媒体は紙ではないのですから、ページの概念が必要ありません。一段組で下へスクロールしていくだけでいいのです。

そしてそれも、画面によって横幅が自動的に調整されなければなりません。
パソコンの広い画面にも、タブレットにもスマホにもそれにふさわしい画面で表示されるべきでしょう。
そして、写真や図もクリックするだけで拡大するようにして、たとえスマホのような小さい画面で、見ていても必要な時には詳しくみることができるようにならなければなりません。

確かに紙にプリントアウトして読むならPDFでもよいでしょうが、時代はタプレットやスマホで読むことが主流となってきています。
紙の誌面作りを前提とした雑誌をPDFで読むと、１ページを画面に表示しきれないので、画面を上へ下へ移動させなければなりません。(図参照)。タブレットならまだしもスマホではまず読めません。手術と手術の間にスマホで最新文献をチェックするというようなお医者さんなどでは不評です。
PDF版はオンライン「化」ジャーナルであって、オンラインジャーナルとはいえません。

現在海外主要出版社で作成されているオンラインジャーナルは、そのほとんどがHTML版で公開されています。日本もそうなっていくことは間違いありません。